环境污染诉讼与环保行政处罚有密切关联，环保行政部门在诉前、诉中及污染修复基金运作中都起到重大作用。环境污染修复基金的设立与运作，目前实践操作比较灵活，而且最高院对创新判决表示支持，企业可以争取的自由裁量空间比较大。

环境污染诉讼与商业诉讼存在诸多不同，主要两点是环保行政部门的作用以及惩罚性赔偿。

一、环境污染诉讼与环保行政处罚的关系

依据最高人民法院、民政部、环境保护部关于贯彻实施环境民事公益诉讼制度的通知，提起诉讼之后，法院需通知环保行政部门。环保部门的判断对法院有重要参考作用。环保部门介入之后，将进行现场检查，通常收集初步证据，不会非常深入，目测与询问笔录为主。现场检查之后，会交代后续调查要点。大约一周以后，进一步约见询问。而后1-3周内，将形成调查结果及处罚意见。在调查过程中，企业应当积极举证，无论在定性，还是裁量情节方面，环保部门的结论法院很可能直接采纳。

二、行政处罚与法院惩罚性判决

污染责任方应争取在行政处罚阶段完成整改并调解，尽量避免进入诉讼程序，因为诉讼潜在赔偿金额远高于行政处罚。行政处罚虽然具有惩罚性，但数额不高。常见行政处罚中，罚金较高的是未批先建与未批先投，处罚金额为违法建设与违法投资的1-5%，其实大多罚款取中位数。大量行政处罚数额非常低，10-50万占大多数。当然，行政处罚最严厉的后果不是罚款，而是停产或限产。

环境污染诉讼赔偿主要包括四类：1）预防措施费用；2) 环境修复费用; 3) 恢复期间环境服务功能损失; 4) 调查评估及诉讼费用。其中，环境修复费用与生态恢复期环境服务功能损失，具有惩罚性。费用难以确定的，法院可以结合污具体情况以及被告因侵害行为所获得的利益以及过错程度等因素，予以合理确定。

环境污染诉讼举证责任值得注意。按照民事诉讼证据，侵权人应免责事由及其行为与损害结果之间不存在因果关系承担举证责任。但2015年最高人民法院做出不同解释，被侵权人应当提供污染者排放了污染物、被侵权人的损害、污染者排放的污染物或者其次生污染物与损害之间具有关联性的证明材料。

当然，无论何种情况，侵权人始终有配合义务，按照最高人民法院关于审理环境民事公益诉讼案件适用法律若干问题的解释，被侵权人请求侵权人提供其排放的主要污染物名称、排放方式、排放浓度和总量、超标排放情况以及防治污染设施的建设和运行情况等环境信息，法律规定被告应当持有或者有证据证明被告持有而拒不提供，如果被侵权人主张相关事实不利于侵权人的，法院可以推定该主张成立。

三、环境污染修复基金实践

环境污染诉讼赔偿之中的环境修复费，基本有三种收缴途径：公益金账户、政府财政账户与第三方托管。该费用一旦进入财政账户，每次使用需要通过财政部门审批，甚至可能需要发改委立项，通过招投标形式选择修复机构，并由环保局监督实施。面对易进难出的局面，将环境公益诉讼赔偿金纳入专项基金，使用效率会更高。修复方案若明确，也可直接由进行修复的第三方托管。

实践中环境修复费不一定需要全额支付到公益金，可以向环保行政部门提交工厂改造方案，被认可之后，改造费用从环境污染修复费用中扣除。这再一次体现环保部门在环境污染诉讼中的重要作用。通过技术改造，尤其是政府高度扶持的项目（例如循环利用资源），明显降低环境风险，且一年内没有因环境违法行为受到处罚，环保行政主管部门出具的企业环境守法情况证明、项目竣工环保验收意见和具有法定资质的中介机构出具的技术改造投入资金审计报告，最多可以抵扣环境污染修复费的40%。